בדוח מבקר המדינה 68 ג (המתפרסם היום 8.5.18, בשעה 16:00), הפרק בנושא עבודה נוספת לחברי הסגל האקדמי הבכיר באוניברסיטאות, כלל גם את הטכניון בחיפה.
"נשיאי הטכניון פעלו במשך שנים ארוכות בניגוד להנחיות ות"ת, וקבעו תקרת הכנסה גבוהה מהמותרת, המעלה את הוצאות השכר של הטכניון"
(* ות"ת היא הוועדה לתכנון ותקצוב של המועצה להשכלה גבוהה)
עוד נכתב בדו"ח המבקר: ביוני 1994 קבע נשיא הטכניון כללים 'לזיכוין מלא' לעוסקים בעבודה נוספת ותקרת הכנסה. "הכללים לא תאמו את ההסדר שנחתם מאוחר יותר באותה השנה בין ארגוני חברי הסגל האקדמי ובין ראשי האוניברסיטאות ואת הנחיות ות"ת מאוקטובר 1994 ומפברואר 1997 בדבר תשלום המענק. אף על פי כן, מאז נוהג הטכניון לפי הכללים שקבע ביוני 1994 נשיא הטכניון דאז. במועד סיום הביקורת הייתה תקרת ההכנסה שהטכניון נוהג לפיה גבוהה כפי שלושה מהתקרה שקבעה ות"ת.
הטכניון טען בתשובתו מיוני 2017 למשרד מבקר המדינה כי הכללים בדבר תקרת ההכנסה שקבע נשיא הטכניון דאז נקבעו בידיעתם של ות"ת ושל הממונה על השכר ובהסכמתם. עוד, לטענת הטכניון, ההסדר שנקבע בעניין זה לאחר מכן, בין ארגוני חברי הסגל האקדמי ובין ראשי האוניברסיטאות, אינו חל עליו.
ות"ת מסרה כאמור למשרד מבקר המדינה בדצמבר 2016 כי אין לאף מוסד או פקולטה החרגה מהנחיותיה האחידות לעניין תקרת ההכנסה; באוגוסט 2017 היא שבה ואישרה זאת. עוד מסרה ות"ת באוגוסט 2017 למשרד מבקר המדינה כי הנחיותיה מאוקטובר 1994 ועדכונן מפברואר 1997 מחייבות את האוניברסיטאות ואת ארגוני הסגל וכי כל חריגה מהן דורשת אישור רשמי ממנה ומהממונה על השכר.
משרד מבקר המדינה מעיר לטכניון כי טענתו שההסדר אינו חל עליו אינה נתמכת באישורים רשמיים כתובים, ולכן אינה מבוססת. יתרה מזו, ות"ת אינה מכירה בטענה זו, ומאז ועד היום היא שולחת מדי תקופה למנהלי הטכניון, כמו ליתר מנהלי האוניברסיטאות, הנחיות בדבר המענק ובדבר תקרת ההכנסה המותרת.
משרד מבקר המדינה מעיר לנשיאי הטכניון שכיהנו מאז ועד היום על כך שפעלו במשך שנים ארוכות על דעת עצמם, בניגוד להסדר שנקבע ובניגוד להנחיות ות"ת, וקבעו תקרת הכנסה גבוהה הרבה יותר מזו המותרת. הטבת שכר זו, שאינה לפי דין, מעלה את הוצאות השכר של הטכניון, הוצאות הממומנות מכספי הציבור, זה שנים רבות וגורמת אי-שוויון בין חברי הסגל בו ובין חברי סגל באוניברסיטאות אחרות. על הנהלת הטכניון להפסיק לאלתר את נוהגה זה ולהתאים את הכללים למתן מענק זמן מלא בטכניון לכללים שקבעה ות"ת. על ות"ת ועל הממונה על השכר לוודא שהתיקון יבוצע ולעקוב באופן שוטף אחר יישום ההנחיות האמורות."