מהמידע שבידי משרד מבקר המדינה עולה חשש כי הבחינה וההכרעה באשר לתיעדוף חלופות לייבוא האמוניה נעשו לכאורה באופן מוטה כדי להטיב כלכלית עם חברת חיפה כימיקלים, אגב מידור בעלי תפקידים רלוונטיים במשרד להג"ס ממעורבות בעניין; כמו כן, מידע שנמסר לגורמים מוסמכים בנושא השתנה מהותית מפעם לפעם ולא תאם לכאורה במלואו את העובדות לאשורן.
בנוסף נראה כי מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה, ישראל דנציגר, היה מעורב בנושא מעורבות משמעותית וחריגה, וכי לכאורה הוא לא קיים את ההסדר למניעת ניגוד עניינים שנקבע לו באוגוסט 2015 ויש חשש כי פעל בנושא תוך ניגוד עניינים ובלא שהתייעץ בעניין זה לפני כן, כפי שהתחייב בהסדר, עם היועצת המשפטית של המשרד להג"ס. מכאן עולים חששות לקיומם של שיקולים זרים בפעילותם של חלק מגורמי המדינה בנושא ואף חשש לפגיעה בטוהר המידות. המידע הועבר ליועץ המשפטי לממשלה, לידיעתו ולכל טיפול שימצא לנכון.
יש לציין כי העברת המידע ליועץ המשפטי לממשלה באה בהמשך למכתב בנושא שנשלח לפרקליט המדינה ב-12.7.17.
מעיריית חיפה נמסר בתגובה: "ניסיונות ההתעלמות של חיפה כימיקלים מהחלטות כל הערכאות המשפטיות כולל בית המשפט העליון הם הגורם למצב. די להקשיב לדבריו של כבוד השופט מלצר שאמר לעובדים כי עומדת להם העילה לתבוע את הנהלת המפעל על כך שלא נערכה בזמן לסגירת מיכל האמוניה כמתחייב מהחלטת הממשלה".
מהמשרד להגנת הסביבה נמסר בתגובה: "המשרד להגנת הסביבה נדהם לשמוע מהתקשורת על ההאשמות החמורות האלו, ועד לרגע זה לא קיבל שום הסבר או מידע הנוגע אליהן. ברגע שנקבל את החומר בשלמותו, נוכל להגיב לגופו של עניין. יודגש, כי כל פעילות אנשי המשרד להגנת הסביבה בתחום זה נסמכה באופן מלא על המלצות של מומחי המקצוע בתחום מהארץ ומהעולם, ולוותה באופן צמוד על-ידי הגורמים המשפטיים, לאור העובדה שהנושא נדון בערכאות משפטיות שונות".
מחיפה כימיקלים נמסר בתגובה: "חיפה כימיקלים למדה על פניית מבקר המדינה ליועמ"ש רק מהפרסום בתקשורת ואין לה כל מידע מעבר לכך. החברה קיבלה את ההיפך הגמור מטיפול מועדף כפי שנטען על ידי יונה יהב. החברה סבורה שבמקום לתת לה יחס מועדף, היא סומנה וקיבלה טיפול שלא כשורה כתוצאה מקמפיין השקרים בראשות יונה יהב , שנפסל על ידי כל המומחים ושכל מטרתו היא חיסול תעשיית הדשנים ולהיבחר מחדש לראשות עיריית חיפה".
לא ניתן להגיב